蛋白測序 的主要策略是采用化學(xué)或者酶消化方法將多肽鏈拆分，然后測定氨基酸殘基含量和組成。本文詳述了蛋白質(zhì)測序的概念，蛋白測序的步驟以及蛋白N-端測序服務(wù)等。
一、概念
當(dāng)前，所謂蛋白質(zhì)測序 ，主要指的是蛋白質(zhì)的一級結(jié)構(gòu)的測定。蛋白質(zhì)的一級結(jié)構(gòu)（Primary structure）包括組成蛋白質(zhì)的多肽鏈數(shù)目。很多場合多肽和蛋白質(zhì)可以等同使用。多肽鏈的氨基酸順序，它是蛋白質(zhì)生物功能的基礎(chǔ)。
蛋白質(zhì)氨基酸順序的測定是蛋白質(zhì)化學(xué)研究的基礎(chǔ)。自從1953年F.Sanger測定了胰島素的一級結(jié)構(gòu)以來，現(xiàn)在已經(jīng)知道約十萬個不同蛋白質(zhì)的一級結(jié)構(gòu)。
二、測定步驟
1.多肽鏈的拆分。由多條多肽鏈組成的蛋白質(zhì)分子，必須強行拆分。幾條多肽鏈借助非共價鍵連接在一起，稱為寡聚蛋白質(zhì)，如：血紅蛋白為四聚體，烯醇化酶為二聚體；可用8mol/L尿素或6mol/L鹽酸胍處理，即可分開多肽鏈（亞基）。
2.測定蛋白質(zhì)分子 中多肽鏈的數(shù)目。通過測定末端氨基酸殘基的摩爾數(shù)與蛋白質(zhì)分子量之間的關(guān)系，即可確定多肽鏈的數(shù)目。
3.二硫鍵的斷裂。幾條多肽鏈通過二硫鍵交聯(lián)在一起，可在8mol/L尿素或6mol/L鹽酸胍存在下，用過量的beta-巰基乙醇處理，使二硫鍵還原為巰基，然后用烷基化試劑保護生成的巰基，以防止它重新被氧化。
4.測定每條多肽鏈的氨基酸組成，并計算出氨基酸成分的分子比。
5.分析多肽鏈的N-末端和C-末端。
多肽鏈端基氨基酸分為兩類：N-端氨基酸（amino-terminal）和C-端氨基酸（Carboxyl-terminal） 。在肽鏈氨基酸順序分析中，最重要的是N-端氨基酸分析法。N末端分析法（Sanger法；Edman法；DNS-Cl；酶降解法），C末端分析法（肼解法;酶降解法;硼氫化鋰法）。
6.多肽鏈斷裂成多個肽段?？刹捎脙煞N或多種不同的斷裂方法將多肽樣品斷裂成兩套或多套肽段或肽碎片，并將其分離開來。
7.測定每個肽段的氨基酸順序。
8.確定肽段在多肽鏈中的次序。
利用兩套或多套肽段的氨基酸順序彼此間的交錯重疊，拼湊出整條多肽鏈的氨基酸順序。
9.確定原多肽鏈中二硫鍵的位置。
一般采用胃蛋白酶處理沒有斷開二硫鍵的多肽鏈，再利用雙向電泳技術(shù)分離出各個肽段，用過甲酸處理后，將可能含有二硫鍵的肽段進行組成及順序分析，然后同其它方法分析的肽段進行比較，確定二硫鍵的位置。
三、蛋白質(zhì)N-端測序服務(wù)
幾乎所有的蛋白合成都起始于N-端，蛋白質(zhì)N-端的序列組成對于蛋白質(zhì)整體的生物學(xué)功能有著巨大的影響力。例如N-端序列影響蛋白質(zhì)的半衰期，同時關(guān)聯(lián)著蛋白亞細胞器定位等，這些與蛋白的功能和穩(wěn)定息息相關(guān)，對蛋白進行N-端測序分析，有利于幫助分析蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)，揭示蛋白質(zhì)的生物學(xué)功能。
目前對蛋白N端測序主要分類兩大類，其一為非質(zhì)譜技術(shù)，例如經(jīng)典的Edman降解法、利用反轉(zhuǎn)錄RT-PCR得到對應(yīng)蛋白的cDNA，再來反推得到蛋白序列;其二為質(zhì)譜技術(shù)。各自都有其使用的長處和制約之處，目前，市面上采用的，依然是基于經(jīng)典的Edman降解法原理，利用美國ABI公司Procise491蛋白序列測序系統(tǒng)進行蛋白N-端測序。
蛋白質(zhì)N-端測序服務(wù)說明
基于Edman降解法原理進行蛋白質(zhì)N-端測序，從理論上不可避免的受到兩種條件制約，會很大程度上影響蛋白測序質(zhì)量：
1.樣品純度不能太低，經(jīng)驗認(rèn)為純度大于90%的蛋白才適用于測序反應(yīng)。
2.N端封閉或糖基化的蛋白質(zhì)難以進行Edman反應(yīng)，無法測序。
蛋白質(zhì)合成是從N末端開始的，因此分析蛋白質(zhì)合成是從N末端序列對蛋白序列分析很重要，蛋白質(zhì)N端序列主要是通過Edman降解法和質(zhì)樸技術(shù)實現(xiàn)的。
