近日，揚(yáng)州大學(xué)園藝與植物保護(hù)學(xué)院水生蔬菜團(tuán)隊(duì)在國(guó)際著名期刊International Journal of Molecular Sciences發(fā)表了題為Integrated mRNA and Small RNA Sequencing Reveals a microRNA Regulatory Network Associated with Starch Biosynthesis in Lotus （Nelumbo Nucifera Gaertn.） Rhizomes的研究論文。該研究通過(guò)對(duì)蓮藕節(jié)間轉(zhuǎn)錄組和Small RNA測(cè)序的聯(lián)合組學(xué)分析，揭示了microRNA調(diào)控淀粉合成的復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)。
蓮藕（Nelumbo nucifera Gaertn.），是蓮科多年生水生草本植物，原產(chǎn)于中國(guó)和印度，是我國(guó)栽培面積最大的特色水生蔬菜。據(jù)國(guó)家特色蔬菜產(chǎn)業(yè)技術(shù)體系統(tǒng)計(jì)，2020年全國(guó)蓮藕種植面積達(dá)到60萬(wàn)hm2。鮮藕及其加工產(chǎn)品不僅耐貯運(yùn)，而且富含淀粉、蛋白質(zhì)、維生素、類(lèi)黃酮和礦物質(zhì)等營(yíng)養(yǎng)成分，以其營(yíng)養(yǎng)價(jià)值和藥用價(jià)值而聞名，深受?chē)?guó)內(nèi)外消費(fèi)者的喜愛(ài)。李時(shí)珍《本草綱目》中稱(chēng)藕為“靈根”，味甘，性寒，無(wú)毒，為祛瘀生津之佳品。淀粉含量占蓮藕根狀莖干物質(zhì)總量的70%以上，節(jié)間淀粉生物合成是影響蓮藕根狀莖食用品質(zhì)的主要因素。
microRNAs（miRNAs）是植物內(nèi)源性小RNA的一個(gè)重要類(lèi)別，通過(guò)賦予基因調(diào)控的序列特異性，影響多種發(fā)育和生理過(guò)程。當(dāng)前，miRNAs已經(jīng)成為改良園藝作物的重要調(diào)控因子和有前途的工具。目前，已有miRNAs參與淀粉生物合成的調(diào)控研究，但尚未有關(guān)于miRNAs調(diào)控蓮藕淀粉生物合成的報(bào)道。
該研究對(duì)本課題組選育的蓮藕材料‘Z6’膨大中期三節(jié)根狀莖淀粉含量情況進(jìn)行測(cè)定后發(fā)現(xiàn)總淀粉、直鏈淀粉、支鏈淀粉在三節(jié)根狀莖中都存在顯著差異。為了進(jìn)一步研究不同節(jié)間淀粉合成相關(guān)microRNA和基因的調(diào)控作用，我們對(duì)不同節(jié)間樣本構(gòu)建了18個(gè)文庫(kù)進(jìn)行了轉(zhuǎn)錄組和Small RNA測(cè)序。轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)顯示有19個(gè)基因參與了淀粉生物合成途徑的介導(dǎo)，其中NnSUS1、NnSUS2、NnSUS3、NnSUS4、NnPGM2和NnSS2發(fā)揮了重要作用。
該研究進(jìn)一步對(duì)蓮藕節(jié)間轉(zhuǎn)錄組和Small RNA測(cè)序聯(lián)合組學(xué)分析，構(gòu)建了一個(gè)microRNA調(diào)控淀粉合成的復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)，其中20個(gè)miRNAs可以通過(guò)調(diào)節(jié)10個(gè)靶基因的表達(dá)來(lái)調(diào)節(jié)不同節(jié)間的淀粉生物合成。
此外，該研究還探討了涉及淀粉生物合成的兩條miRNAs介導(dǎo)途徑：NnumiR396a-NnSS2和NnumiR396b-NnPGM2的潛在規(guī)律。qRT-PCR分析、瞬時(shí)共表達(dá)實(shí)驗(yàn)和雙熒光素酶分析全面證實(shí)了這兩個(gè)miRNAs與其靶基因之間的負(fù)調(diào)控關(guān)系。與根狀莖三節(jié)間的淀粉含量相比，我們可以進(jìn)一步得出以下結(jié)論：NnumiR396a下調(diào)NnSS2的表達(dá)并最終影響支鏈淀粉的合成，NnumiR396b下調(diào)NnPGM2的表達(dá)并最終影響總淀粉的合成。我們的結(jié)果表明，miRNAs在蓮藕根莖中的淀粉生物合成中起著關(guān)鍵作用，并且miRNAs介導(dǎo)的網(wǎng)絡(luò)可以調(diào)節(jié)該組織中的淀粉生物合成。這些結(jié)果為蓮藕根莖發(fā)育過(guò)程中淀粉生物合成的分子機(jī)制提供了重要的見(jiàn)解。
我院水生蔬菜團(tuán)隊(duì)博士研究生朱婭玫、青年教師趙書(shū)平為該論文的共同第一作者；我院水生蔬菜團(tuán)隊(duì)李良俊教授為通訊作者。青年教師吳鵬和馮凱參與了論文指導(dǎo)，研究生鄧康明參與了部分工作。研究獲得了江蘇省“揭榜掛帥”、國(guó)家重點(diǎn)研發(fā)計(jì)劃、國(guó)家特色蔬菜產(chǎn)業(yè)體系等項(xiàng)目的資助。
我院水生蔬菜團(tuán)隊(duì)長(zhǎng)期從事水生蔬菜生長(zhǎng)發(fā)育及重要性狀分子生物學(xué)研究，主要致力于解析水生蔬菜產(chǎn)品器官發(fā)育、品質(zhì)形成、重要功能物質(zhì)代謝的分子機(jī)理研究，以及水生蔬菜種質(zhì)資源評(píng)價(jià)和創(chuàng)新應(yīng)用等研究。
文章鏈接： https://www.mdpi.com/1422-0067/23/14/7605
日期：2022-07-20
蓮藕（Nelumbo nucifera Gaertn.），是蓮科多年生水生草本植物，原產(chǎn)于中國(guó)和印度，是我國(guó)栽培面積最大的特色水生蔬菜。據(jù)國(guó)家特色蔬菜產(chǎn)業(yè)技術(shù)體系統(tǒng)計(jì)，2020年全國(guó)蓮藕種植面積達(dá)到60萬(wàn)hm2。鮮藕及其加工產(chǎn)品不僅耐貯運(yùn)，而且富含淀粉、蛋白質(zhì)、維生素、類(lèi)黃酮和礦物質(zhì)等營(yíng)養(yǎng)成分，以其營(yíng)養(yǎng)價(jià)值和藥用價(jià)值而聞名，深受?chē)?guó)內(nèi)外消費(fèi)者的喜愛(ài)。李時(shí)珍《本草綱目》中稱(chēng)藕為“靈根”，味甘，性寒，無(wú)毒，為祛瘀生津之佳品。淀粉含量占蓮藕根狀莖干物質(zhì)總量的70%以上，節(jié)間淀粉生物合成是影響蓮藕根狀莖食用品質(zhì)的主要因素。
microRNAs（miRNAs）是植物內(nèi)源性小RNA的一個(gè)重要類(lèi)別，通過(guò)賦予基因調(diào)控的序列特異性，影響多種發(fā)育和生理過(guò)程。當(dāng)前，miRNAs已經(jīng)成為改良園藝作物的重要調(diào)控因子和有前途的工具。目前，已有miRNAs參與淀粉生物合成的調(diào)控研究，但尚未有關(guān)于miRNAs調(diào)控蓮藕淀粉生物合成的報(bào)道。
該研究對(duì)本課題組選育的蓮藕材料‘Z6’膨大中期三節(jié)根狀莖淀粉含量情況進(jìn)行測(cè)定后發(fā)現(xiàn)總淀粉、直鏈淀粉、支鏈淀粉在三節(jié)根狀莖中都存在顯著差異。為了進(jìn)一步研究不同節(jié)間淀粉合成相關(guān)microRNA和基因的調(diào)控作用，我們對(duì)不同節(jié)間樣本構(gòu)建了18個(gè)文庫(kù)進(jìn)行了轉(zhuǎn)錄組和Small RNA測(cè)序。轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)顯示有19個(gè)基因參與了淀粉生物合成途徑的介導(dǎo)，其中NnSUS1、NnSUS2、NnSUS3、NnSUS4、NnPGM2和NnSS2發(fā)揮了重要作用。
該研究進(jìn)一步對(duì)蓮藕節(jié)間轉(zhuǎn)錄組和Small RNA測(cè)序聯(lián)合組學(xué)分析，構(gòu)建了一個(gè)microRNA調(diào)控淀粉合成的復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)，其中20個(gè)miRNAs可以通過(guò)調(diào)節(jié)10個(gè)靶基因的表達(dá)來(lái)調(diào)節(jié)不同節(jié)間的淀粉生物合成。
此外，該研究還探討了涉及淀粉生物合成的兩條miRNAs介導(dǎo)途徑：NnumiR396a-NnSS2和NnumiR396b-NnPGM2的潛在規(guī)律。qRT-PCR分析、瞬時(shí)共表達(dá)實(shí)驗(yàn)和雙熒光素酶分析全面證實(shí)了這兩個(gè)miRNAs與其靶基因之間的負(fù)調(diào)控關(guān)系。與根狀莖三節(jié)間的淀粉含量相比，我們可以進(jìn)一步得出以下結(jié)論：NnumiR396a下調(diào)NnSS2的表達(dá)并最終影響支鏈淀粉的合成，NnumiR396b下調(diào)NnPGM2的表達(dá)并最終影響總淀粉的合成。我們的結(jié)果表明，miRNAs在蓮藕根莖中的淀粉生物合成中起著關(guān)鍵作用，并且miRNAs介導(dǎo)的網(wǎng)絡(luò)可以調(diào)節(jié)該組織中的淀粉生物合成。這些結(jié)果為蓮藕根莖發(fā)育過(guò)程中淀粉生物合成的分子機(jī)制提供了重要的見(jiàn)解。
我院水生蔬菜團(tuán)隊(duì)博士研究生朱婭玫、青年教師趙書(shū)平為該論文的共同第一作者；我院水生蔬菜團(tuán)隊(duì)李良俊教授為通訊作者。青年教師吳鵬和馮凱參與了論文指導(dǎo)，研究生鄧康明參與了部分工作。研究獲得了江蘇省“揭榜掛帥”、國(guó)家重點(diǎn)研發(fā)計(jì)劃、國(guó)家特色蔬菜產(chǎn)業(yè)體系等項(xiàng)目的資助。
我院水生蔬菜團(tuán)隊(duì)長(zhǎng)期從事水生蔬菜生長(zhǎng)發(fā)育及重要性狀分子生物學(xué)研究，主要致力于解析水生蔬菜產(chǎn)品器官發(fā)育、品質(zhì)形成、重要功能物質(zhì)代謝的分子機(jī)理研究，以及水生蔬菜種質(zhì)資源評(píng)價(jià)和創(chuàng)新應(yīng)用等研究。
文章鏈接： https://www.mdpi.com/1422-0067/23/14/7605
日期：2022-07-20
